検索において、改行コードは '\r' と '\n' で表現されますので、
改行コードを置換することも可能です。
通常、Windowsでは改行を "\r\n" として表現します。
もし、エディタを新規で開き、エンターキーを２回打った後、
１行目の改行コードを "\r\n" から "\r" に置換し、
２行目の改行コードを "\r\n" から "\n" に置換した場合、
注意が必要です。
この時点では、改行マークは、
← (\r)
↓ (\n)
として表され
[EOF]も含めると３行で表されています。
これをそのまま保存するとなると、
ファイルには "\r\n" とまとめて書き込まれ、
次回開いた時には、Windowsの改行１つとして認識されます。
これは、そういう仕様でありバグではありませんが、
もし行数を変えたくないということであれば、
「名前を付けて保存」の「改行コードの指定」で、
統一した改行コードにしてください。